本校因合校於2014年8月1日成立，兩校原有之通識教育中心皆屬一級單位。然屏東教育大學通識教育中心設有共同教育組與博雅教育組，而屏東商業技術學院通識教育中心未設二級單位。考量合校後中心業務與職責加大，乃依合校計畫書建議，中心下設共同教育組與博雅教育組。

109學年度擴展原本「通識教育中心」之共同教育組、博雅教育組改制為共同教育中心、博雅教育中心之外，為推展跨領域教學，另置「跨領域學程中心」；此外，為善盡大學社會責任，進行在地連結，培育創新與學用合一人才，亦將108年11月8日成立之「大武山社會實踐暨永續發展中心」納入成立「大武山學院」。大武山學院力的目標與方向。

屏東大學通識教育中心
   首任主任，傅東山教授(103/8~104/7)
   第二任主任，吳聰義副教授(104/8~108/7)
   第三任主任，賀瑞麟教授(108/7~109/7)

屏東大學大武山學院
    首任院長，林曉雯教授(109/8~ )