本校因合校於93年8月1日成立，兩校原有之通識教育中心皆屬一級單位。然屏東教育大學通識教育中心設有共同教育組與博雅教育組，而屏東商業技術學院通識教育中心未設二級單位。考量合校後中心業務與職責加大，乃依合校計畫書建議，中心下設共同教育組與博雅教育組。

大武山學院於109年8月1日設立，除了將原本的「通識教育中心」之共同教育組、博雅教育組改制為共同教育中心、博雅教育中心之外，為推展跨領域教學，另置「跨領域學程中心」；此外，為善盡大學社會責任，進行在地連結，培育創新與學用合一人才，亦將108年11月8日成立之「大武山社會實踐暨永續發展中心」納入；因此，一方面配合校務發展，一方面建立學院自己的特色：通識、跨領域與在地實踐三位一體。111學年度新媒體創意應用碩士學位學程正式成立，其目的不僅希望切合當前社會與產業對於新媒體人才的需求，亦配合本校近年著重在地連結與大學社會責任的重點發展。(1121019更新)